不管是新鲜雪茄还是淳化后的雪茄，都可能会出现斑点，有些雪茄客误会雪茄上的绿色斑点是发霉了，其实不然。绿色斑点只是雪茄斑点种类中的一种，另外雪茄上还有可能出现白色、黄色、黑色斑点等。
1.绿色斑点
雪茄茄衣上经常会看到绿色的斑点，许多朋友觉得这是雪茄发霉了，其实这是烟叶的本来色素，与生俱来的。烟农将烟叶采摘下来，需要放在通风干燥的地方，用竹杆串成一束放在专门的屋子里风乾，即通过晾晒，将烟叶中的水分去除。
这个过程中，烟叶的叶绿素逐渐会转换成红素，有绿斑的茄衣是在这个过程中没有充分风乾氧化变红，烟叶就被用于下一步步骤的加工。
2.白色斑点
雪茄表面出现白色斑点，以前有人说是这些白色斑点在烟叶的时候就存在了，这些小白点是因为空气中的臭氧而产生的，甚至有一种说法是，有人会专门挑选这些有白色斑点的雪茄来购买，因为味道特别好。这基本是误传，雪茄茄衣表面上的小白点对整枝雪茄的味道几乎没有任何影响。
雪茄表面出现白色斑点是因为这个地方的烟叶已经失去了叶绿素。这种小白色斑点表明绿叶感染了尾孢菌，这种菌不会破坏烟叶的物理形状，但内里的叶绿素会被侵蚀，这种侵蚀有时候在烟叶的时候就呈现出来了，有时候在卷制成型之后才慢慢表现出来，所以在整片的烟叶和雪茄上都有可能看到白色斑点。
3.黄色斑点
黄色斑点也有人把这种叫做太阳斑，这其实和太阳没有太大关系，产生这种黄色斑点的原因有两个，一个是雪茄烟叶本身就存在的，损伤、虫害、纤维断裂等等都会出现黄斑，甚至在叶子还是青色的时候就会有；另一个原因是烟叶放在仓库干燥过程中湿度不足造成的，虽然雪茄烟叶都是放在一个特定温湿度的仓库中醇化，但是每一片叶子或者叶子上的区域接触的温湿度是不同的，如果叶子被挤压了，压在中间的部分湿度会有不足的情况，这个地方就会产生黄斑。这些斑点通常都不大，对雪茄其实也没有太大影响。
4.黑色斑点
黑色斑点也是常见的一种情况，出现黑色斑点通常是因为湿度过高造成的，湿度太高令烟叶中的焦油不正常地冒出了表面，使到颜色变深。这种情况不仅在烟叶保存中会出现，我们自己在保存雪茄的时候能发现这种情况，我们放在保湿盒内的雪茄，如果湿度过高了，能够看到茄衣有些地方的颜色变得比较深，形成黑色的斑点。这种情况很有可能令到雪茄的质量受到破坏。
在古巴雪茄中，前三种斑点是属于正常的常见现象。相反，非古雪茄则会在外观上下足功夫，绝少会让这些斑点出现在茄衣上。
